Elk onderdeel van het maagdarmkanaal heeft zijn eigen specifieke microbiota, aangepast aan de lokale omgeving (pH en zuurstofgehalte).

Zo is in de maag de pH lager en is in de dunne darm het zuurstofgehalte hoger dan in  het colon. De maag is relatief dunbevolkt met minder dan 10³ KVE/ml.

Het aantal bacteriën in de dunne darm, ongeveer 10⁴ KVE/ml, wordt beperkt door

– de snelle doorgangstijd
– de maagzuur
– de galzouten

In het lagere gedeelte van de dunne darm vertraagt de beweging van de darminhoud en stijgt de microbiële populatie tot 10⁶ KVE/ml. De microbiële gemeenschap in het colon is uitermate complex en divers. Het aantal micro-organismen is er zeer hoog (10¹⁰ tot 10¹²KVE/ml)._[1]