Microbiote et performances : existe-t-il un profil idéal pour le sportif ?

Le microbiote de l’athlète se distingue par ses fonctions. Chez les joueurs de rugby irlandais, par rapport à deux groupes témoins de 23 personnes appariés selon leur morphologie, la diversité microbienne était plus élevée et corrélée à un apport élevé en protéines ainsi qu’à la créatine kinase (2). La différence était encore plus marquée au niveau fonctionnel, avec une plus grande quantité d’acides gras à chaîne courte (AGCC) dans les selles : acétate, propionate et butyrate (1). Ces AGCC peuvent couvrir jusqu’à 10 % des besoins énergétiques quotidiens (3), servent de substrat pour le côlon et les muscles, et peuvent améliorer la sensibilité à l’insuline des muscles et réduire l’inflammation (4).

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L’alimentation a autant d’importance que l’entraînement. Une analyse de la cohorte irlandaise, citée par Jeukendrup et Gleeson, montre que l’alimentation seule ne modifie que légèrement le microbiote, que l’activité physique seule a davantage d’influence sur les métabolites, et que les différences les plus marquées se situent entre les personnes sédentaires ayant une alimentation malsaine et les athlètes ayant une alimentation saine (3).

Les fibres constituent le premier levier, et de nombreux sportifs en consomment trop peu. Lorsque les glucides fermentescibles se font rares dans le côlon, le microbiote se met à fermenter les protéines, produisant ainsi de l’ammoniac, des phénols ou du sulfure d’hydrogène, qui sont impliqués dans une augmentation de la perméabilité intestinale ; l’alimentation végétale et les fibres semblent freiner ce processus (3). De nombreux sportifs ne consomment pas suffisamment de fibres, alors qu’un apport plus élevé est associé à une plus grande diversité microbienne (4). Le nombre d’espèces végétales différentes consommées a plus d’importance que l’étiquette « végétarien » ou « omnivore » (5).

Le moment choisi est important. Une consommation réduite de fibres et de graisses avant et pendant les entraînements intensifs et les compétitions limite les troubles digestifs (4) ; les phases de récupération sont le moment idéal pour les réintroduire (6).

Les anti-inflammatoires rendent l’intestin plus vulnérable. Chez 9 hommes entraînés, deux prises de 400 mg d’ibuprofène avant un effort à vélo ont aggravé les lésions de l’intestin grêle et altéré la barrière intestinale ; les auteurs concluent que leur utilisation doit être déconseillée chez les sportifs (7).

La santé intestinale, définie par le fonctionnement. En 2026, l’Association scientifique internationale pour les probiotiques et les prébiotiques (ISAPP) a défini la santé intestinale comme « un état de fonctionnement gastro-intestinal normal, sans maladie gastro-intestinale active et sans troubles digestifs altérant la qualité de vie » (8). Voilà la réponse à la question posée dans le titre : aucune composition ne prédit à elle seule un état de santé, et on parle désormais d’un microbiote « associé à la santé » plutôt que d’un microbiote « sain » (4). L’objectif du suivi n’est pas d’établir un profil bactérien, mais d’assurer un bon fonctionnement intestinal et un microbiote bien nourri.

Des signatures par discipline, à affiner encore. Une revue de 2025 associe les sports d’endurance à Prevotella et les sports de force à Bacteroides (6). Les données de terrain sont plus nuancées : chez 33 cyclistes de compétition, trois profils coexistaient, sans lien avec le niveau, mais une abondance de Prevotella d’au moins 2,5 % était associée au volume d’entraînement hebdomadaire (9). Chez les marathoniens, Veillonella augmente après la course et transforme le lactate en propionate ; chez la souris, elle a prolongé la durée de course de 13 % (10). Pour rappel : le propionate peut servir de substrat énergétique. Il peut alimenter la gluconéogenèse dans le foie et être oxydé (11), ce qui pourrait contribuer à la disponibilité énergétique et à la récupération.

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Le microbiote de l’athlète se distingue principalement par ce qu’il produit. Il n’existe pas de profil idéal à atteindre, mais plutôt des fonctions à soutenir grâce à des fibres variées, en quantité suffisante et bien réparties dans le calendrier d’entraînement. Les aliments fermentés et les probiotiques dont l’efficacité est prouvée viennent compléter cette base.